Setelah kejatuhan terakhir Bakugan Naga yang jahat, kedamaian kembali ke Vestroia. Dengan bantuan Danma Kuusou, rekannya Pyrus Dragonoid, dan Battle Brawler lainnya, Infinity dan Silent Cores digabungkan dan wilayah itu diciptakan kembali.
Namun, New Vestroia tidak akan diberi kelonggaran apa pun karena penjajah alien humanoid, para Vestal, tiba dan menaklukkan dunia Bakugan dalam satu gerakan. Berbekal mesin menakutkan yang mampu membatasi Bakugan ke dalam bentuk bola mereka, mereka bertujuan untuk memperbudak ras tersebut sebagai bentuk hiburan.
Sekarang, satu-satunya kekuatan yang menghalangi mereka adalah Bakugan Battle Brawler Resistance—sekelompok manusia, Bakugan, dan Vestal yang menentang gagasan untuk memusnahkan ras yang berakal. Dipimpin oleh Danma, mereka harus menjelajah ke New Vestroia yang diduduki musuh dan mengusir para penjajah, untuk memastikan kelangsungan hidup seluruh dunia.
